In attesa dell'entrata in vigore dei regolamenti di Dipartimento, nei casi in cui, alla data di entrata in vigore dello Statuto, non siano già state espletate le elezioni per il rinnovo dei Direttori di Dipartimento il cui mandato elettivo sia scaduto al termine dell'anno accademico 1995/96, i Consigli di Dipartimento devono provvedere al rinnovo dei Direttori scaduti sulla base dei regolamenti vigenti.

Entro sessanta giorni dall'insediamento, il Consiglio delle Strutture Scientifiche deve adottare specifiche direttive generali di Ateneo sulle modalità di funzionamento dei Consigli di Dipartimento, sulla nomina delle rappresentanze del personale tecnico-amministrativo, degli iscitti ai corsi di dottorato ed alle scuole di specializzazione, degli studenti iscritti ai corsi di studio e loro consistenza numerica nei Consigli di Dipartimento stessi, nonchè sulla composizione e funzionamento della Giunta di Dipartimento in funzione dell'approvazione dei regolamenti di Dipartimento da parte dei Consigli di Dipartimento.
I Consigli di Dipartimento in carica continuano ad esercitare le proprie attribuzioni nella composizione risultante all'entrata in vigore dello Statuto sino all'insediamento nella nuova composizione integrata con le rappresentanze del personale tecnico-amministrativo, degli iscritti ai corsi di dottorato ed alle scuole di specializzazione e degli studenti iscritti ai corsi di studio, che dovrà avvenire entro e non oltre il 30 settembre 1997, in base alle modalità che saranno determinate nei regolamenti di Dipartimento di cui al comma precedente.
Le Giunte di Dipartimento in carica continuano ad esercitare le proprie attribuzioni nella composizione risultante all'entrata in vigore dello Statuto sino all'insediamento dei Consigli di Dipartimento nella nuova composizione, in base alle modalità che saranno determinate nei regolamenti di Dipartimento di cui al comma precedente.

L'istituzione di Dipartimenti Universitari Clinici, nei quali l'assistenza sanitaria è attività istituzionale, inscindibilmente connessa con le attività di ricerca e di insegnamento, è approvata dal Senato Accademico, su proposta della Facoltà di Medicina e Chirurgia, sentito il parere obbligatorio del Consiglio di Amministrazione.
I Dipartimenti Universitari Clinici operano, per quanto attiene alla sola attività assistenziale, come previsto da protocolli d'intesa tra Università, Regione Friuli Venezia Giulia e/o eventuali altri Enti, stipulati a seguito dell' approvazione del Consiglio di Amministrazione, su proposta della Facoltà di Medicina e Chirurgia, sentito il parere obbligatorio del Senato Accademico.
Nell'ambito dei protocolli d'intesa di cui al comma precedente, i Dipartimenti Universitari Clinici o loro parti significative (Unità Cliniche Operative), conservando le caratteristiche universitarie, possono stabilire un'interazione funzionale a carattere permanente con strutture di altri Enti, aventi finalità in comune con quelle istituzionali dell'Ateneo, in particolare con quella assistenziale, attraverso la previsione di Dipartimenti misti. Tali interazioni funzionali sono approvate dal Consiglio di Amministrazione, su proposta dei Dipartimenti interessati, sentito il parere obbligatorio della Facoltà di Medicina e Chirurgia e del Senato Accademico.