La direzione della Scuola è affidata ad un professore di I o II fascia appartenente alla sede della stessa e inquadrato nel settore scientifico disciplinare di riferimento della Scuola. Nel caso di multipli settori scientifico-disciplinari di riferimento, la direzione della Scuola è estesa ai Professori di ruolo dei settori-scientifico disciplinari compresi nell'Ambito specifico della tipologia della Scuola.

Il Direttore rappresenta la Scuola, ha la responsabilità del suo funzionamento, convoca le riunioni del Consiglio. 

Il Direttore della Scuola può designare un vicedirettore tra i professori di ruolo del settore scientifico disciplinare di riferimento della Scuola, che lo sostituisca in tutte le sue funzioni in caso di impossibilità o impedimento temporaneo. 

Il mandato del vicedirettore può essere revocato dal Direttore della Scuola oppure scadere contestualmente al suo mandato.

Il Direttore assume per motivi d’urgenza con proprio provvedimento gli atti di competenza del Consiglio della Scuola, qualora non risulti possibile procedere tempestivamente alla sua convocazione. Il provvedimento del Direttore deve essere sottoposto a ratifica del Consiglio della Scuola, nella prima seduta utile.

Il Direttore viene eletto dal Consiglio della Scuola.

L'elezione del Direttore è indetta dal Decano con avviso emanato almeno dieci giorni prima della data di convocazione.

Il Decano è un professore di I fascia del Consiglio della Scuola di Specializzazione, con maggiore anzianità nel ruolo di I fascia. 

Laddove nel Consiglio della Scuola non sia presente un professore di I fascia, il Decano è il professore di II fascia con maggiore anzianità nel ruolo.

Qualora il Decano fosse impossibilitato a convocare il predetto Consiglio, questo compito è affidato al Direttore uscente o al vicedirettore.

Le votazioni avvengono a scrutinio segreto.

Le votazioni sono valide se vi partecipa almeno la maggioranza assoluta degli aventi diritto. 

Il Direttore è nominato con decreto del Direttore di Dipartimento, su delega del Rettore, dura in carica un triennio e può essere rieletto consecutivamente una sola volta.

A ciascuna Scuola è preposto un Consiglio. Il Consiglio della Scuola è composto dal Direttore, che lo presiede, da tutti i titolari degli insegnamenti impartiti e da una rappresentanza degli iscritti.

Al personale delle strutture convenzionate con la Scuola, cui è conferito l’incarico di docenza, viene attribuito il titolo di “professore a contratto”.  I professori a contratto possono concorrere, nel rispetto dell'Ordinamento didattico e dell'organizzazione delle strutture dell'Università, ai fini delle deliberazioni adottate dal Consiglio di Scuola in misura massima pari al 30% dei votanti. Ai fini della elezione del Direttore i professori a contratto concorrono all'elettorato attivo (voto pesato) in misura pari al 30% dei votanti.

La rappresentanza degli specializzandi viene garantita nella misura del 15% dei componenti del Consiglio della Scuola. 

Il Consiglio della Scuola deve essere convocato almeno tre volte all’anno. 

Le riunioni del Consiglio, ad eccezione di quella per l’elezione del Direttore, possono aver luogo anche in forma telematica purché ciascuno dei partecipanti sia in grado di intervenire sugli argomenti, visionare, ricevere e trasmettere documentazione e possa esprimere il suo parere.  

Il Consiglio della Scuola:  

elegge il Direttore della Scuola; 

delibera in relazione alla carriera ed al percorso formativo dello Specializzando, nonché sulle materie concernenti l’organizzazione e la gestione delle attività formative della Scuola medesima; 

approva annualmente il piano degli studi e la composizione della rete formativa; 

formula proposte e svolge funzioni consultive nei confronti del Dipartimento, in materia di progettazione e programmazione didattica; 

svolge funzioni eventualmente delegate dal Dipartimento.

Il Collegio dei Direttori delle Scuole di Specializzazione di Area Sanitaria è composto dai Direttori delle Scuole istituite ed attivate presso l’Università degli Studi di Trieste. 

Il Collegio ha competenze propositive e consultive per quanto attiene le problematiche inerenti l’organizzazione e il funzionamento delle Scuole. 

Il Collegio è presieduto da un componente, con funzioni di Coordinatore, designato dal Consiglio di Dipartimento. 

Il Coordinatore rimane in carica tre anni e può essere rieletto consecutivamente una sola volta.